Program Studi Sarjana Pendidikan Biologi berdiri di FITK pada tanggal 20 Maret 2001 berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor DJ.I.385/2008 tanggal 27 Oktober 2008. Jurusan Pendidikan Biologi mendapatkan penguatan sumber daya manusia melalui program IISEP (IAIN Indonesia Social Equality Project) kerjasama UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Kementerian Agama dengan Mc Gill University melalui Canadian International Development Agency (CIDA) bersamaan dengan perubahan bentuk IAIN menjadi UIN melalui Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 4/U/KB/2001 dan Keputusan Menteri Agama Nomor 500/2001 tanggal 21 November 2001.